Президент ОАО "НК нефти ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть" ВНК на сумму более 892,4 млрд руб. и легализацию части этих средств в 1998-2004гг. в размере 487,4 млрд руб. и 7,5 млрд долл.
 
В мае 2005г. М.Ходорковский и бывший руководитель МФО "МЕНАТЕП" Платон Лебедев были признаны виновными по шести статьям Уголовного кодекса РФ и приговорены к девяти годам лишения свободы. Позднее срок наказания был сокращен до восьми лет. В 2006г. было возбуждено второе уголовное дело в отношении М.Ходорковского и П.Лебедева. Процесс проходит в Москве.